معاونت آموزش و تحصیلات تکمیلی در سال ۱۳۸۶ و پیرو ابلاغ چارت جدید پژوهشگاه ایجاد شده است. البته مدیریت تحصیلات تکمیلی در پژوهشگاه از سابقه نسبتا طولانی (از ابتدای تاسیس پژوهشگاه) برخوردار می‌باشد.
معاونت آموزش و تحصیلات تکمیلی پژوهشگاه وظیفه برنامه‌ریزی، اداره و هدایت کلیه امور آموزشی پژوهشگاه، نظارت بر حسن اجرای مقررات و آیین‌نامه‌های آموزشی، تصمیم‌گیری درباره مسائل آموزشی، سیاست‌گذاری و اتخاذ تمهیدات لازم در جهت گسترش و ارتقاء کیفیت آموزشی، آموزش همگانی و اجرای دوره‌های آموزش‌های تخصصی کوتاه مدت و ارزیابی آنها را بر عهده دارد.
واحد های تابعه این معاونت به شرح زیر می‌باشند :
مدیریت تحصیلات تکمیلی
گروه آموزش‌های تخصصی کوتاه مدت