معاونت پژوهش و فناوری بازوی اصلی پژوهشگاه در اجرای اهداف و ماموریت های پژوهشی و امور راهبردی پژوهشگاه می باشد . فهرست بعضی از فعالیت های اصلی آن به شرح زیر است :

- اجرای سیاست ها و طراحی استراتژی پژوهش و فناوری؛
– نظارت در اجرای صحیح پروژه های تحقیقاتی؛
– تشکیل شورای فناوری در تحقق پروژه های فناوری؛
– مشارکت و کمک در طرح راهبردی تحصیلات تکمیلی با معرفی محورهای پژوهشی؛
زیر مجموعه های معاونت پژوهشی عبارتند از:

- مدیریت امور پژوهشی

- گروه فناوری

- گروه تجهیزات و امور آزمایشگاهی

- گروه پردازش و خدمات رایانه ای

- کتابخانه و مرکز اسناد