فعالیت‌های این دفتر در قالب گروه‌های بررسی بودجه و اعتبارات، برنامه‌ریزی و آمار و بررسی تشکیلات انجام می‌گیرد و مهمترین وظایف آنها عبارتند از:

• تهیه و تدوین شاخص‌های تنظیم بودجه و تشکیلات
• تهیه، تنظیم و تلفیق بودجه در قالب اهداف کلی پژوهشگاه، ضوابط اجرایی بودجه و مصوبات هیأت امنای پژوهشگاه
• بررسی و ارائه طرح‌ها و برنامه‌های پژوهشگاه و تنظیم برنامه زمان‌بندی شده فعالیت‌های پژوهشی، آموزشی و عمرانی
• تهیه، بررسی و مبادله موافقتنامه‌های مربوط به فعالیت‌های جاری و عمرانی و دفاع از آنها در مراجع رسیدگی
• تهیه آمارها و نمودارهای مورد نیاز از فعالیت‌ها و عملکرد پژوهشگاه و تجزیه و تحلیل آنها
• بررسی نیازهای آموزشی کارکنان در سطوح مختلف شغلی و برنامه‌ریزی اجرای برنامه‌های آموزشی
• تهیه و تدوین مجموعه شرح وظایف و پستهای سازمانی پژوهشگاه و تشخیص و تعیین رسته و رشته شغلی
• بررسی‌ پست‌های سازمانی به منظور برآورد نیروی انسانی مورد نیاز پژوهشگاه